MySQL为表把它的数据词典信息以.frm文件的形式存在数据库目录里，这对所有MySQL存储引擎都是真的。但是每个InnoDB表在表空间内的InnoDB内部数据词典里有它自己的条目。当MySQL移除表或数据库，它不得不删除.frm文件和InnoDB数据词典内的相应条目。这就是为什么你不能在数据库之间简单地移动.frm文件来移动InnoDB表。
每个InnoDB表有专门索引，被称为clustered index，对行的数据被存于其中。如果你对你的表定义一个PRIMARY KEY， 主键的索引是集束索引。
如果你没有为表定义PRIMARY KEY，MySQL拾取第一个仅有NOT NULL列的UNIQUE索引作为主键，并且InnoDB把它当作集束索引来用。如果表中没有这样一个索引，InnoDB内部产生一个集束索引，其中用InnoDB在这样一个表内指定给行的行ID来排序行。行ID是一个6字节的域，它在新行被插入的时候单一地增加。因此被行ID排序的行是物理地按照插入顺序排的。
通过集束索引访问一个行是较快的，因为行数据是在索引搜索引导的同一页面。如果表是巨大的，当对比于传统解决方案，集束索引构架经常节约磁盘I/O。（在许多数据库，数据传统地被存在与索引记录不同的页）。
在InnoDB中，非集束索引里的记录（也称为第二索引）包含对行的主键值。InnoDB用这个 主键值来从集束索引中搜索行。注意，如果主键是长的，第二索引使用更多空间。
InnoDB比较CHAR和VARCHAR字符串不同长度，以便在较短字符串中剩下的长度被处理视为用空格补上的。