在数据库应用中，主键是一个唯一的识别符，并且新行被以主键的升序来插入，这是个常见的情况。因此，到集束索引的插入不需要从一个磁盘随机读。
另一方面，第二索引通常是非唯一的，到第二索引的插入以相对随机次序发生。这可能会导致大量的随机磁盘I/O操作，而没有一个被用在InnoDB中的专用机制。
如果一个索引记录应该被插入到一个非唯一第二索引，InnoDB检查第二索引页是否在缓冲池中。如果是，InnoDB直接插入到索引页。如果索引页没有在缓冲池中被发现，InnoDB插入记录到一个专门的插入缓冲结构。插入缓冲被保持得如此小以至于它完全适合在缓冲池，并且可以非常快地做插入。
插入缓冲周期地被合并到数据库中第二索引树里。把数个插入合并到索引树的同一页，节省磁盘I/O操作，经常地这是有可能的。据测量，插入缓冲可以提高到表的插入速度达15倍。
在插入事务被提交之后，插入缓冲合并可能连续发生。实际上，服务器关闭和重启之后，这会连续发生。（请参阅15.2.8.1节，“强制恢复”）。
当许多第二索引必须被更新之时，并且许多行已被插入之时，插入缓冲合并可能需要数个小时。在这个时间内，磁盘I/O将会增加，这样会导致磁盘绑定查询明显缓慢。另一个明显的后台I/O操作是净化线程（请参阅15.2.12节，“实现多版本化”）。