假设你已经安装了MySQL，并且已经编辑了选项文件，使得它包含必要的InnoDB配置参数。在启动MySQL之前，你应该验证你为InnoDB数据文件和日志文件指定的目录是否存在，并且MySQL有访问这些目录的权限。InnoDB不能创建目录，只能创建文件。也检查你有足够的空间来放数据和日志文件。
当创建InnoDB数据库时，最好从命令提示符运行MySQL服务器mysqld， 而不要从mysqld_safe包装或作为Windows的服务来运行。当你从命令提示符运行，你可看见mysqld打印什么以及发生了什么。在Unix上，只需要调用mysqld。在Windows上，使用--console选项。
当在选项文件里初始地配置InnoDB后，开始启动MySQL服务器之时，InnoDB创建一个数据文件和日志文件。InnoDB打印如下一些东西：
InnoDB: The first specified datafile /home/heikki/data/ibdata1 did not exist: InnoDB: a new database to be created! InnoDB: Setting file /home/heikki/data/ibdata1 size to 134217728 InnoDB: Database physically writes the file full: wait... InnoDB: datafile /home/heikki/data/ibdata2 did not exist: new to be created InnoDB: Setting file /home/heikki/data/ibdata2 size to 262144000 InnoDB: Database physically writes the file full: wait... InnoDB: Log file /home/heikki/data/logs/ib_logfile0 did not exist: new to be created InnoDB: Setting log file /home/heikki/data/logs/ib_logfile0 size to 5242880 InnoDB: Log file /home/heikki/data/logs/ib_logfile1 did not exist: new to be created InnoDB: Setting log file /home/heikki/data/logs/ib_logfile1 size to 5242880 InnoDB: Doublewrite buffer not found: creating new InnoDB: Doublewrite buffer created InnoDB: Creating foreign key constraint system tables InnoDB: Foreign key constraint system tables created InnoDB: Started mysqld: ready for connections
一个新的InnoDB数据库被创建了。你可以用mysql这样通常的MySQL客户端程序连接到MySQL服务器。当你用mysqladmin shutdown关闭MySQL服务器之时，输出类似如下：
010321 18:33:34 mysqld: Normal shutdown 010321 18:33:34 mysqld: Shutdown Complete InnoDB: Starting shutdown... InnoDB: Shutdown completed
你可以看数据文件和日志文件，并且你可以看见文件被创建。日志目录也包含一个名为ib_arch_log_0000000000的小文件。这个文件是数据库被创建的结果，数据库被创建之后InnoDB切断日志归档。当MySQL再次启动之时，数据文件＆日志文件已经被创建，所以输出更简洁：
InnoDB: Started mysqld: ready for connections
你可以添加innodb_file_per_table选项到my.cnf文件，并且让InnoDB存储每一个表到MySQL数据库目录里自己的.ibd文件。请参阅15.2.6.6节，“使用Per-Table表空间”。