安全数据库管理的关键是定期做备份。
InnoDB热备份工具是一个在线备份工具，你可以用它来在InnoDB数据库运行之时备份你的InnoDB数据库。InnoDB热备份工具不要求你关闭数据库，并且它不设置任何锁定或干扰你 正常的数据库处理。InnoDB热备份工具是非免费（商业的）附加软件，它每年的证书费用是每台MySQL服务器运行的计算机€390。请参阅InnoDB热备份主页以获得更详细的信息以及屏幕截图。
如果你可以关闭你的MySQL服务器，你可以生成一个包含InnoDB用来管理它的表的所有文件的二进制备份。使用如下步骤：
1. 关闭MySQL服务器，确信它是无错误关闭。
2. 复制你所有数据文件（ibdata文件和.ibd文件）到一个安全的地方。
3. 复制你所有ib_logfile文件到一个安全的地方。
4. 复制my.cnf配置文件或文件到一个安全的地方。
5. 为你InnoDB表复制.frm文件到一个安全的地方。
复制对InnoDB表起作用，所以你可以使用MySQL复制能力来在需要高可用性的数据库站点保有一份数据库的复制。
除了刚才描述的二进制备份，你也应该周期性地用mysqldump转储你的数据库。这么做的原因是，二进制文件可能被破坏而你没有注意到。转储的文件被存储成为人可读的文本文件，所以定点表的损坏 修复变得更容易。再者，因为形式更简单，严重数据损坏的机会就更小。mysqldump 也有一个--single-transaction选项，你可以用它来做一个一致的快照而不用把其它客户端排除在外面。
要能够从上述的二进制备份恢复InnoDB数据库到现在，你必须让二进制日志功能打开正在运行的MySQL服务器。 然后你可以应用二进制日志到备份数据库以实现point-in-time恢复：
mysqlbinlog yourhostname-bin.123 | mysql
要从MySQL服务器的崩溃恢复，唯一需要的是重新启动它。InnoDB自动检查日志并执行到现在的数据库前滚。InnoDB自动回滚在崩溃时 呈现的未提交的事务。在恢复过程中，mysqld显示如下一些输出：
InnoDB: Database was not shut down normally. InnoDB: Starting recovery from log files... InnoDB: Starting log scan based on checkpoint at InnoDB: log sequence number 0 13674004 InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 13739520 InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 13805056 InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 13870592 InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 13936128 ... InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 20555264 InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 20620800 InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 0 20664692 InnoDB: 1 uncommitted transaction(s) which must be rolled back InnoDB: Starting rollback of uncommitted transactions InnoDB: Rolling back trx no 16745 InnoDB: Rolling back of trx no 16745 completed InnoDB: Rollback of uncommitted transactions completed InnoDB: Starting an apply batch of log records to the database... InnoDB: Apply batch completed InnoDB: Started mysqld: ready for connections
如果数据库被损坏或磁盘出错，你必须从备份做恢复。在损坏的情况下，你首先应该找出一个没有被损坏的备份。恢复数据库备份之后，从二进制日志文件恢复。
在一些数据库损坏的情况下，仅仅转储，移除并重建一个或数个被破坏的表是足够的。你可以用CHECK TABLE SQL语句来检查表是否损坏，虽然CHECK TABLE正常地不检查每种可能的损坏，你可以使用innodb_tablespace_monitor来检查表空间文件内文件空间管理的完整性。
在一些情况下，明显地数据库损坏是因为操作系统损坏它自己的文件缓存，磁盘上的数据可能完好，最好是首先重启计算机。它可以消除那些显得是数据库页损坏的错误。